Kojenerasyon sistemleri şebeke kesintisi veya ani yük artışı durumunda ayrı bir otomasyon sistemi tarafından korumaya alınırlar.
Kojenerasyon otomasyon sistemi ile sağlanacak fonksiyonlar şu şekildedir.
- Şebekenin gitmesi durumunda ani yük atma
- Jeneratörleri devreye aldıktan sonra güç analizi yapılarak kojenerasyon sistemini maksimum yükte tutma
- Merkezi izleme sistemi ile ( SCADA ) kojenerasyon sistemine ait tüm bilgilerin izlenmesi ve kayıt edilmesi